More, kao kolijevka života, predstavlja specifičnu životnu sredinu vrstama koje u njemu žive i izuzetan prirodan resurs za čovjeka, koji koristi njegove blagodeti. Za Crnu Goru more ima veliki značaj, jer je turizam najznačajnija privredna grana u zemlji. S toga je veoma značajno, na pravi način, znati brinuti i štititi more i njegovu okolinu. Zato je Agencija za zaštitu prirode I životne sredine napravila nacionalni Program monitoringa stanja morskog ekosistema koji podrazumijeva praćenje različitih parametara i indikatora važnih za ocjenu njegovog stanja.
Zbog posebnosti morskog ekosistema dobijene podatke je važno studiozno analizirati i staviti ih u širi kontekst godišnjeg doba, blizine obale, dubine, blizini uticaja slatke vode itd. S tim u vezi za potrebe uzorkovanja, analiza i izrade izvještaja neophodan je tim stručnjaka kako bi se dobio relevantan i funkcionalan izvještaj na bazi kojeg bi se moglo izvještavati prema međunarodnim institucijama.
Cilj monitoringa
Program praćenja stanja ekosistema priobalnog mora sprovodi se u cilju ocjene stanja morskog biodiverziteta i kvaliteta morske vode, polazeći od analize bioloških i hemijskih indikatora zagađenja. Na osnovu rezultata koji se dobijaju kroz realizaciju programa monitoringa vrši se procjena stepena zagađenosti.
Rezultati se takođe, koriste i za potrebe ispunjavanja obaveza izvještavanja na međunarodnom nivou (Evropskoj agenciji za zaštitu životne sredine i MEDPOL-u).

Aktivnosti i program monitoringa
Aktivnosti na godišnjem nivou:
- Izrada programa praćenja stanja ekosistema priobalnog mora;
- Pripremanje informacije o stanju ekosistema priobalnog mora za Vladu i javnost;
- Izrada izvještaja za Evropsku agenciju za zaštitu životne sredine i druge međunarodne institucije;
- Kordinacija realizacije programa monitoringa stanja ekosistema priobalnog mora i reviziju sprovođenja programa;
- Izrada predloga mjera za popravljanje stanja u ugroženim oblastima i oblastima gdje su evidentirani pritisci na živi svijet
- Realizacija projekata.
Program monitoringa
Program monitoringa stanja ekosistema priobalnog mora Crne Gore čine sljedeći komplementarni programi:
- Program opšteg kvaliteta priobalne vode mora
- Monitoring kvaliteta vode lučkih akvatorijuma
- Monitoring eutrofikacije
- Monitoring trenda zagađenja
- Biomonitoring
- Monitoring biomarkera
- Monitoring unosa rijekama
- Monitoring unosa efluentima
- Monitoring unosa preko atmosfere
- Monitoring vode za marikulturu
- Monitoring vode za kupanje