Sektor za zaštitu prirode vrši poslove koji se odnose na:

• zaštitu prirode;
• izradu procjene prihvatljivosti radnji, aktivnosti i djelatnosti na zaštićeno prirodno dobro;
• procjena stanja i ugroženosti stanišnih tipova i priprema godišnjih izvještaja o stanju i ugroženosti stanišnih tipova;
• izradu studija zaštite za proglašenje zaštićenih prirodnih dobara;
• donošenje akata o preventivnoj zaštiti prirodnih dobara koje imaju svojstvo zaštićenog prirodnog dobra;
• izradu predloga za donošenje akta o prestanku zaštite, ukoliko zaštićeno prirodno dobro izgubi odlike zbog kojih je proglašeno zaštićenim;
• pripremanje Crvene knjige, odnosno liste ugroženih divljih vrsta biljaka, životinja i gljiva;
• praćenje brojnosti i stanja populacije divljih ptica u skladu sa međunarodnim obavezama;
• izradu procjene rizika na prirodu pri unošenju alohtonih vrsta biljaka, životinja i gljiva u ekosisteme;
• izradu procjene rizika pri ponovnom unošenju nestalih divljih vrsta biljaka, životinja i gljiva (autohtonih vrsta) u ekosisteme;
• učestvovanje u pripremanju i sprovođenju projekata i programa u oblasti zaštite prirode;
• učestvovanje u sprovođenju međunarodnih ugovora u oblasti zaštite prirode;
• organizovanje i sprovođenje obrazovnih i promotivnih aktivnosti u oblasti zaštite prirode;
• pripremanje i izdavanje stručnih publikacija u oblasti zaštite prirode;
• pružanje usluga u oblasti zaštite prirode fizičkim i pravnim licima.